Naprapaatti käyttää passiivisina hoitomenetelminä mm. nivelten käsittelytekniikoita; manipulaatio-, mobilisaatio- ja pehmytkudos- tekniikoita sekä aktiivisina menetelminä mm. terapeuttista harjoittelua ja ergonomista neuvontaa. Lisäksi apuna voidaan käyttää erilaisia pehmytosiin kohdistuvia hoitotekniikoita sekä fysikaalisia menetelmiä, kuten lämpö-, kylmä- ja sähköterapiaa.

Hoitoon liitetään myös potilaskohtaisesti suunniteltua lääkinnällistä harjoitusterapiaa eli lihasvoimaa, -kestävyyttä, koordinaatiota ja nivelten liikkuvuutta normalisoivia harjoitteita. Lääkinnällisellä harjoitusterapialla ja ergonomisella terveysneuvonnalla ja -ohjauksella pyritään palauttamaan, parantamaan ja lisäämään potilaan työ- ja toimintakykyä, ennaltaehkäisemään tuki- ja liikuntaelimistön sairauksia ja toimintahäiriöitä sekä ylläpitämään pidempiaikaisia hoitotuloksia.